1、自然保护

    保护自然资源与自然环境是自然保护区的首要任务，是衡量自然保护区管理工作水平的一项主要内容，因此，牯牛降自然保护区将保护工作放在工作首位。一是结合爱鸟周和野生动物宣传月等宣传活动，采用宣传车、宣传图片、印发宣传材料和电视录相等多种形式，大力宣传自然保护区的重要作用和意义；二是将与保护区管理相关的法律法规和我县制定的保护区规定编印成册，印发到保护区周边村组和农户，每户一册，提高周边社区人们的保护意识；三是设置宣传牌和警示牌，增强游客及周边群众的保护意识；四是对破坏野生动植物的违法行为进行查处曝光，以达到教育群众、宣传野生动植物保护的目的；五是借用自然生态教育基地和高校科研实习基地开展活动，广泛宣传自然保护知识，增强人们的自然保护意识。六是严格防范，从严从快打击。森林火灾是保护区资源安全的大敌，我们时刻绷紧这根弦，把森林防火工作作为保护区重点工作来抓。及时维修防火道，检修防火设备，交通工具，时刻保证防火设施完好和通讯设备畅通。在防火期，实行24小时防火值班，全站人员高度戒备，对火灾隐患地段加强监测，火险等级高时，与周边社区签订防火监护责任书。同时，严厉打击破坏野生动植物的违法行为，站里职工、护林员不定期深入保护区巡山护林，发生有违法苗头及时制止，对出现的违法行为从快从严查处。

    牯牛降自然保护区建立三十多年来，未发生森林火警、火灾、乱砍滥伐和乱捕滥猎野生动物的案件，区域内森林生态系统的完整性和生物物种的多样性得到了有效保护。

2、科研监测

    开展资源本底调查、加强科学研究是自然保护区摸清生物多样性资源和环境的本底情况，掌握其消长变化趋势，以便制定管护措施的一项重要基础工作，它既是实施有效保护，实现保护区管理目标的保证，又是获取科技信息，改善保护措施，提高管理水平，推动保护区发展的重要途径和科学依据。因此，省林业厅和省科委于1983年组织了综合科学考察队，对牯牛降自然保护区进行本底资源方面的调查研究。基本摸清了保护区的自然条件、自然资源、动植物区系成分、森林植被类型、珍稀濒危动植物的生态分布等状况，整理出各学科专题报告和动、植物名录，并于1988年汇编出版了《牯牛降科学考察集》，为自然保护区的资源保护、总体规划和建设管理提供了科学依据。2012年，牯牛降自然保护区与安徽师范大学合作，由安师大承担保护区资源本底调查工作。安师大成立了由7名教授、17名研究生（5名博士、12名硕士）及10名本科生组成的野外调查队伍，分成植物、兽类、鸟类、两爬、鱼类、昆虫、真菌等小组，依托上世纪八十年代的调查基础，再次对自然保护区进行系统全面的调查，现已完成了野外调查任务和物种的鉴定工作，同时完成了牯牛降周边社区的社会经济状况专项调查,目前进行调查数据及资料的整理、总结和分析，即将提交资源调查报告，并着手准备后期的《牯牛降鸟类图谱》、《牯牛降蝶类图谱》《牯牛降真菌》等专业书籍的出版。

    牯牛降自然保护区非常重视科研工作，至今已先后完成了“黄山松松针小卷蛾生活史观察”、“黄山松松针小卷蛾生物与化学防治”、“黄山松纯林间伐、卫生伐促进林木生长试验”、“西洋参在牯牛降高寒山区的引种试验”、“森林资源规划设计调查”、“牯牛降珍稀植物调查”、“松材线虫病常年监测”和中国野生动物保护协会批准的“棘胸蛙人工繁殖及保护利用”等课题研究和试验活动。1998年申报的GEF小型科研基金项目“牯牛降开展生态旅游促进社区发展的研究”，于2001年9月完成。课题研究成果已通过国家林业局GEF项目专家组验收，并获得专家们一致好评，而且其成果已应用到牯牛降的生态旅游开发工作中，促进了周边社区经济发展，取得了良好的社会效益和经济效益。课题研究成果在《安徽师范大学学报》、《安徽农业大学学报》、《安徽林业》、《安徽林业科技》、《野生动物》和《绿潮》等杂志上发表。